一、申报特殊工时制度。就企业内不能实行标准工时制的岗位，申请综合计算工时制或不定时工作制。这可以有效降低特殊岗位的加班费支出。此时要注意，在劳动合同里也要相应的约定特殊工时制。
例：某超市促销员，上一天班休息一天，每天12个小时，月工资1740元。2008年11月份共计上班15天，休息15天，请为其计算该月加班费数额。
答：如未申请特殊工时制，则每天超过8小时的工作时间均属于加班。因为每周至少休息了三天，周六周日即使上班，也等于是有了补休，所以只有平时加班。十月加班小时共计4小时*15天＝60小时，每小时工资为1740/21.75/8=10元，因此十月份的加班工资共计60*10*150%＝900元。
在申请了综合计算工时制，而且在劳动合同里也约定了综合计算工时制的情况下，又应该支付多少加班费呢？如以月综合计算工作时间，则每月工作时间总共为12*15＝180小时，而法定制度月工作时间为20.83*8＝166.64小时，故超出制度工作时间仅14个小时，加班费应为14*10*150%＝210元。
二、在劳动合同与规章制度中规定加班审批制度并加以运用。这样可以避免员工一些不必要的加班。因为，公司安排员工延长工作时间才叫做加班，员工自愿的延长工作时间不算加班。但是公司必须有一定的制度、一定的证据来证明员工延长工作时间并非公司的安排，并未履行相应的手续。
如规章制度中可以作下列规定：
“公司不鼓励员工加班，各岗位所安排的工作任务，均可在正常工作时间内完成。
员工如需延长工作时间，应填写加班审批单，并得到部门主管的同意，否则不视为加班，公司将不予以支付加班工资。仅打卡下班时间超过了规定时间，不视为加班。”
三、将工资划分为正常工资与加班工资，在劳动合同中写明，在工资条项目中列明。实践中有的单位加班时间比较固定，便与员工口头约定在工资里面包括一定的加班费，但该加班费并没有在劳动合同中体现，也没有在工资条里单独列明。一旦争议发生，员工完全可以主张单位没有支付加班费，单位很可能败诉。
另外，实务中，有些单位安排员工在法定节假日加班，并向员工额外支付一些费用，名为“节日补助”，“节日福利”，“过节费”等等，但却没有另外支付加班工资，这也容易引发争议的作法。如果是按照加班费的本意给的，在工资条里面就应该列明为“加班费”，或“加班工资”、“法定节假日加班费”等。
四、采取计件工资也能在一定程度上避免加班工资。按照《工资支付暂行规定》，在“完成计件定额任务后”，用人单位安排其延长工作时间的，才需支付加班费。换言之，计件工资下的加班，多了一个条件。如果在计件定额任务之内，劳动者在法定工作时间之外延长工作时间，不视为加班。因此这可以在一定程度上避免员工“磨洋工”，却要求支付加班费的问题。
但这里有个关键问题的，必须制订合理的劳动定额。该劳动定额必须同岗位的大多数员工能完成。按照《劳动合同法》关于规章制度的要求，劳动定额作为规章制度的一部分时，还应该通过民主程序制订，并采取一定的公示手段。
五、在劳动合同中约定加班工资计算的基数。劳动者的工资一般分为很多项目，如基本工资、工龄工资、奖金、津贴、绩效工资等，哪些项目应当计入加班费的计算基数呢？
对这个问题，目前还没有统一的明确规定。各地规定也不尽相同。有的地方允许用人单位与劳动者在劳动合同中约定加班费的计算基数，如江苏、上海等地；有的地方规定可以按照劳动者月工资性收入的70%作为加班费的计算基数，如浙江省的规定。
对于地方没有对加班费计算基数作出规定的（如北京），在实务中，一般这么操作：
1、严格来说，应按照劳动者当月的全部工资性收入（包括基本工资、奖金、津贴、补贴等）作为加班费的计算基数，因为工资、奖金、津贴、补贴按照国家统计局《关于工资总额组成的规定》，都属于工资的组成部分。所以，如果劳动合同没有对加班费的基数作出约定，那么，司法实务中会以劳动者的实际所得全部工资性收入作为计算加班费的基数。
2、如果劳动合同约定在每月的固定的工资，如岗位工资、基本工资、津贴等等，作为加班费的基数，而把浮动的、不固定的绩效奖金、提成奖金剔除在加班费的计算基数之外，这个存在一定的争议，但司法实务中多数会得到支持。因为从用人单位的管理来看，加班费的基数如果总是变动，计算是很困难的。不过此时有一点要注意，无论如何，加班费的计算基数不得低于最低工资，否则是无效的。有的用人单位在劳动合同中只写固定工资，浮动的工资采取口头约定的方式或在其它地方进行约定，此时在劳动合同中约定按合同约定工资作为基数计算。
3、如果有些奖金是按季度，或按半年、一年的周期进行发放，那么一般认为，这些奖金不能作为计算加班费的基数。
所以综上所述，人力资源管理人员必须了解关于加班费的地方性规定，并根据规定改良单位的工资构成，增加浮动性的工资项目，并在劳动合同里作相应约定。
六、工资与福利的调整。
工资与福利是不同的内容，工资需缴纳个人所得税，作为计算社会保险缴费与加班费的基数，而福利是用人单位的一种经营成本支出，无需缴纳个人所得税，也不作为计算加班费的基数。所以，从降低加班费的计算基数的目的出发，可以考虑适当增加给员工的福利，如提供宿舍、伙食等，而降低工资性收入，可以降低加班费。
但是我们要注意，并非把一项收入命名为“福利”就不算工资，必须是通过合乎规定的财务手续处理，把该项支出作为用人单位的经营成本支出。
七、做好考勤记录。
目前，司法实务对加班的举证责任做法不太统一，法律也没有明确规定。司法实务中较常见的做法是，平时加班由劳动者举证，且要求较严，但休息日与法定节假日是否有加班，用人单位需负一定举证责任。总的趋势来讲，对用人单位的要求会越来越严，因为用人单位对员工的工作负有管理之职，要求用人单位提交一定的考勤记录，以证明没有存在加班是合理的。实务中已经有不少案例，在用人单位与员工均证明不了是否存在加班的情况下，认定加班存在。尤其是休息日与法定节假日是否上班，很多案例支持由单位承担举证责任。当然，如果用人单位承认存在考勤记录，司法机关肯定会责成用人单位交出考勤记录。
所以，人力资源管理人员应当作好考勤工作。建议用人单位制作书面的考勤表。根据前面所说的举证规则，考勤表通常情况下无需精确到小时，只需精确到上班天数，包括工作天数和各种假期的天数，并让员工签名。签名可以放在与领取工资时一起，一并让员工签字。在实务操作中，在争议未发之先让员工签字配合，其实是不难的，待到争议发生之后，再想要双方心平气和的协商，就困难了。
八、关于加班费包干的问题。
实务中，因为很多用人单位存在固定的加班，便与员工在劳动合同中约定每月多少加班费包干，超出不补，多发不退。这种约定有没有效呢？不能说完全有效，也不能完全说无效。如果按实际加班时间计算的实际加班费超出了约定的金额，那么劳动者仍然可以要求用人单位补足加班费的差额；但如果按实际加班时间计算的实际加班费少于约定的金额，则用人单位还是应该按约定的加班费发放。所以，这一包干条款只能说是部分有效。
另外，两点注意事项：一，在工资条里面同样要列明加班费，否则可能不被当作加班费；二，扣除加班费之后的正常工资不能低于最低工资。